本校は、創立115年の歴史を持つ伝統ある男女共学であり、中学校・高等学校・高等学校通信制課程を設置しています。
「しなやかな強さを持った自立できる人間を育てる」という教育理念の下、「問題解決力」・「進路実現力」・「相互理解力」をバランス良く身につけさせ、社会で活躍できる生徒を育成します。
また、本校にて大切にしている「文武両道」の精神は、授業を通して得る知識のみならず、スポーツ活動や芸能活動との両立を図ることを意味しています。生徒個々がさまざまな夢に向かって努力し、また、互い刺激し合いながら成長していく。これが本校教育の、大きな特徴のひとつです。
2019年4月より、目黒日本大学中学校・目黒日本大学高等学校として、以下のようにコース制を再編します。

◆中高一貫コース
中高6カ年の教育を通じて、医歯薬獣系や国公立大学、難関私立大学への進学を可能とする学力を身につけさせます。

◆高等学校 進学コース
学力別に特進クラスとN進学クラスに編成されます。
特進クラスでは、国公立大学への進学に対応したカリキュラムが編成され、国公立大学や難関私立大学への進学を可能とする学習プログラムが組まれています。
進学クラスでは、日本大学への進学を念頭に、部全員が部活動に所属することを奨励し、活動や委員会活動をはじめとする課外活動を通じて、人間的な成長を促します。

◆高等学校 スポーツ・芸能コース
学校生活とスポーツ活動や芸能活動の両立、そして日本大学進学の実現を図るコースです。それぞれの生徒の個性を伸ばし、夢の実現へと導いていきます。

◆高等学校通信制課程
さまざまなライフスタイルを持つ生徒が、お互い理解しながら3年間で高校卒業を目指します。また、全日制ではできない時間の使い方で、自己実現に向けて取り組むことができます。2019年度より、日本大学進学コースの設置を予定しています。