１６年度決算が５月２４日の評議員会で承認された。教育・研究、その他諸活動に対応するすべての収支内容を示す資金収支の決算総額は２４４９億６７００万円となり、予算対比で１０億６２００万円（０．４３％）の減となった。（金額は１００万円単位で表記） 　
【資金収支決算】収入の部では、補助金収入が私立大学等経常費補助金の増加に伴い予算対比で１１億９３００万円（６．４３％）の増収、医療収入が入院医療包括評価制度に伴い平均在院日数短縮などが評価されたことで５億３００万円（１．１３％）の増収になったが、資産運用収入がゼロ金利政策の長期化および運用元本の減などに伴って６億７５００万円（１１．８１％）の減収になった。 　
支出の部では、施設関係支出が当年度工事遅延などにより、予算対比で１６億７２００万円（７．００％）の減になったのをはじめ、教育研究経費支出が１４億１５００万円（２．４６％）の減、人件費が１０億４９００万円（１．０３％）の減になった。 　
この結果、各種引当資産からの取崩しが予算対比で２６億９１００万円（１０．８３％）の減、各種引当資産への設定が３０億２２００万円（２４．６３％）の増になった。 　
過去５年（１２年度〜１６年度）の資金収支決算の推移を見ると、学生生徒等納付金、補助金、医療各収入の伸びと比較して、人件費および教育研究・管理経費支出の伸びが大きくなっている。施設・設備関係支出は、お茶の水スクエアビルにかかわる不動産取得などに伴って、１３、１４年度に大きく増加、必要な財源の多くが引当資産の取崩しによるもの。 　
【消費収支決算】学生生徒等納付金など帰属収入が１８６２億６６００万円となり、帰属収入から基本金組入額１８４億７０００万円を控除した消費収入は１６７７億９５００万円となった。 　
消費支出は１８２９億１５００万円で、消費支出超過額は、予算対比６６億５９００万円減の１５１億１９００万円となった。これは帰属収入が予算対比で１．０５％の収入増、基本金組入額が９．８３％の組入れ減、消費支出が１．４６％の支出減となったことによる。 　
【貸借対照表】１６年度末現在の資産総額は、７１１３億３００万円で、前年度末比で２６億６２００万円（０．３８％）増加。負債総額は１０５６億３４００万円で、同６億８８００万円（０．６５％）の減少。基本金は７６１０億８７００万円で、同百８４億７０００万円（２．４９％）の増加。 　
また、翌年度へ繰り越す消費収支差額は、消費支出超過額が前年度末より１５１億１９００万円増加し、１５５４億１８００万円となった。