人文科学、社会科学及び自然科学にわたる総合的または学際的な研究を行い、あわせて、大学及び学部等が設置する各研究所の機能の総合を目指す研究所です。

日本大学量子科学研究所は、量子力学の基礎とその応用に関する研究、電子線利用研究施設の運営と全学的共同利用サービスの提供などの事業を行っています。

内外、古今にわたる教育制度の研究、特に近代日本教育及び世界教育文化の総合的研究所です。

東西文化の特質並びに理念を比較して日本文化の理解を深め、世界文化の発展と人類の福祉に貢献を目指す研究所です。

人口に関する学際的な総合研究・調査を行い、学術の交流発展に寄与することを目的とした研究所です。

法学部では、『法学研究所』、『政経研究所』、『比較法研究所』、『新聞学研究所』、『国際知的財産研究所』の5つの研究所を設置しています。

文理学部には人文科学、自然科学、情報科学の3研究所があります。半世紀以上の歴史を持つ研究所など、それぞれの専門領域でハイレベルな成果をあげています。

経済科学研究所
経済理論及びその現実社会への具体的適用について、学内外の研究者による共同研究を進めています。

産業経営研究所
産業・経営・会計及び関連諸分野について広く調査研究を行っています。

両研究所とも常に時代の潮流を反映した最先端の研究課題に取り組んだ学際的研究活動を行っています。

商学部の3つの研究所（商学研究所・会計学研究所・情報科学研究所）では、変貌する社会のニーズを睨んだ研究課題を設定し、高水準の成果を追求しています。

芸術学部芸術研究所は、芸術に関する研究と制作を行うことを目的に昭和44年4月に設置され、芸術の科学的研究機関として多彩なプロジェクトに取り組み、広く社会に研究成果を発信しています。

国際関係学部生活科学研究所
当研究所は食物栄養学、医学、商学、民俗学、地域振興などの諸分野における生活科学に関するテーマについて、実験、調査、フィールドワークを主とした研究活動を実施し、研究成果を広く社会に還元することを目ざします。

国際関係学部国際関係研究所
当研究所は、政治・経済・社会・歴史・文化・言語・環境・交流・情報・ビジネスなど多様化する国際関係をテーマに、グローバルな視点から研究活動を実施し、研究成果を広く社会に還元することを目ざします。

理工学研究所は、急速に進展する学術の様相に対応し、学術のすうせいである学際的、国際的な新分野を開拓、育成して学理・技術の研究を担う総合的研究拠点として機能しています。

生産工学研究所は、「生産工学の分野について広く調査、研究及び指導を行い、もって学術の交流発展に寄与すること」を目的として昭和48 年3月、生産工学部に設置された研究所です。

工学研究所では、「ロハスの工学－持続可能な未来のために－」をテーマに、時代をリードする最先端の研究開発はもとより、地球環境への思いやりを考慮した環境保全にかかわる研究にも積極的に取り組んでいます。

総合医学研究所は、専門別の研究部門と医学研究支援部門に組織された環境のもと、目的の達成と役割を果たすため、最先端の医学研究と学際領域の研究との調和を目指して、多くの事業に取り組んでいます。

歯学部総合歯学研究所（総歯研）は、歯学に関する学理・技術の研究、特に歯学の各分野にわたる学際的な研究を行い、歯学の発展に寄与することを理念として1976年に歯学部に付置された研究所であり、9つの研究部門と2つの共同利用施設で構成されています。

松戸歯学部口腔科学研究所では、疫病調査研究組織、先進医療研究組織などの研究プロジェクトの推進や、民間企業の委託研究の受け入れを行うとともに、国内外の共同研究を推進するための研究拠点としても広く活動しています。

微生物・動物・植物といった「生物資源の生産科学」、「生命科学」、それらを取り巻く「環境科学」、ならびにそれらの課題と密接に関わる「人間の活動」に関わる重要課題の先端的研究を行っています。その研究成果は高い評価を得ています。

薬学の各分野にわたる総合的研究を行うことを行うことを目的とした機関であり、分析センター、アイソトープセンター、実験動物センター、遺伝子工学実験室、薬用植物園、ゲノム機能解析センター、分子薬学研究センターを有しています。

通信教育部は、教育の機会均等を理念として全ての人々に「開かれた大学」を目指しています。
　通信教育研究所は、この理念を実現するために、開放制教育について研究し、学術の発展に寄与することを目的としています。