明治22年（1889）10月4日、時の司法大臣山田顕義と宮﨑道三郎・金子堅太郎など11名の若手学者の尽力により、日本大学の前身である日本法律学校が誕生しました。欧米諸国の法律を教える法律学校がほとんどだった当時、日本法律を教授する学校の誕生は、大いに独自性を発揮しました。創立当初は飯田町（現飯田橋）にあった皇典講究所を借りて開講されました。

学祖山田顕義が死去した翌年の明治26年（1893）、日本法律学校は廃校の危機に立たされました。このとき、教職員らとともに学校存続に尽力したのが、第一回日本法律学校卒業生たちでした。廃校の難局を乗り切った明治26年12月、学校存続に尽力した講師・学生・卒業生合同の慰労会が開催され、この席上、本学の校友会が誕生することとなりました。

創立当初より皇典講究所の建物を借りて開講していた日本法律学校でしたが、明治29年（1896）6月、ついに神田三崎町の地に初の校舎を建設しました。当時、三崎町練兵場跡地は、三菱の岩崎家が所有していましたが、その土地を借り受け、建物は駿河台の小松宮邸の付属家屋を譲り受けました。

明治36年（1903）3月、専門学校の認可基準を定めた最初の統一的法規として専門学校令が公布されました。これに伴い、公私立の専門学校は、法的根拠に基づく正式な高等教育機関としての地位を獲得しました。

日本法律学校は、大学組織に移行する前段階として、明治36年、高等予備科・高等法学科を設置し、大学組織への移行を進めて、学則改正の認可申請を文部大臣に申請しました。明治36年8月19日、校名を「日本大学」と改称します。
しかし、日本法律学校が日本大学と改称するにあたり、文部省はかなり難色を示しましたが、戸水寛人（ひろんど）らの熱心な運動により、明治36年9月から本学は無事に「日本大学」と呼称することができ、翌年には専門学校令による認可を受けることとなりました。

明治39年（1906）、刑法・刑事訴訟法研究のため、校友山岡萬之助がドイツ留学に派遣されました。山岡は、帰国後の明治43年（1910）より本学教授となり、後に第3代総長に就任しました。また、山岡は司法省にも出仕して監獄局長・刑事局長等を務め、旧少年法の成立や監獄法改正作業などに尽力しました。

大正7年（1918）の大学令公布により、官立の帝国大学以外に公立・私立の大学の設置が認められたことで、本学も大正9年に大学令による「日本大学」設置が認可されました。そして、創立30周年記念校舎として建築された新校舎が大正9年（1920）に完成し、大学昇格祝賀会・大正8年度卒業式などが開催されました。しかし、大正12年の関東大震災により、わずか3年で全壊しました。

最初の校歌は、大正9年（1920）5月16日に行われた大学令による大学昇格祝賀会で歌うために、学生の発案でその前日から一晩でつくられたものに過ぎませんでした。

そうした事情から、正式な校歌制定を求める声が上がり、大正12年（1923）2月には、作詞を一般学生から公募することになりました。その結果、学生3名の作品が選ばれ、3作の歌詞を合作した上で、音楽家の梁田貞（やなだただし）に作曲を依頼し、正式な校歌が制定されたのです。そのため、この校歌には特定の作詞者は存在しません。

現在の校歌は、昭和4年5月に誕生しました。自然主義派の詩人・相馬御風（そうま ぎょふう）、日本を代表する作曲家・山田耕筰（やまだこうさく）の手によるものです。初代、二代の校歌の精神を受け継いだ詩に斬新さが加わり、曲は明るく軽快で、しかも荘重さを帯びています。当時は歌詞が難解だとの声もあったと聞きますが、今では校歌集のなかでも名曲のひとつとなっています。

スクールカラーは大学昇格翌年の大正10年（1921）に選定され、当初は「紅（こう）」でした。大正11年制定の大学旗（当時は校旗）にもその色が使われましたが、昭和33年（1958）にあらためて「緋」色と定められました。運動競技で目にする「ピンク（桜色）」については、大正11年、箱根駅伝に初参加した際に、すでに「赤」を使用している大学があったため、混同しないために使用したのが始まりとされています。

大正10年（1921）10月、『日大新聞』が創刊されました。普通新聞紙大で4ページ、月2回発行、1部5銭（年間1円20銭）でした。大学新聞としては、慶應義塾大学の『三田新聞』・東京帝国大学の『帝国大学新聞』に続く3番目の早さでした。日大新聞学会が主催した政治問題・社会問題に関する講座や講演会の反響が大きく、学生や教員から機関新聞の発行の声が盛り上がり、学生たちの熱意が実って創刊されたものです。

大正12年（1923）5月27日、前年に取得した府中のグラウンドで本学初の全学陸上大運動会を開催しました。100ｍ走をはじめ、スプーンレース、仮装行列、近隣小学校生徒の200ｍ走など、趣向を凝らした種目が実施されました。この運動会は、日頃顔を合わせない他科の学生との交流を深め、学生の士気を鼓舞するのに重要な役割を果たしました。

大正12年（1923）9月1日に発生した関東大震災は、新たなスタートを切ろうとしていた本学にも甚大な被害を与えました。三崎町新校舎・駿河台校舎・建設中の付属中学校舎など施設の全焼、松岡康毅総長の遭難死と悲劇に襲われましたが、すぐさま授業再開を目指して復興委員会が組織され、学生救護班の活躍もあって10月1日には授業再開が実現したのです。

日本大学が箱根駅伝に参加したのは第3回大会（大正11年）からでした。しばらく成績は振るいませんでしたが、選手・陸上部OBの懸命な努力と大学の一体となっての応援が実り、第16回大会（昭和10年）で悲願の初優勝を成し遂げました。その後19回大会（昭和13年）まで4連覇を達成し、「駅伝王国」の地位を築きました。

戦時下にあっても高等教育機関在学生は徴兵が猶予されていましたが、昭和18年（1943）10月2日、文系専攻の学徒に対しては徴兵猶予が停止されることになり、21日、文部省と学校報国団主催の「出陣学徒壮行会」が神宮外苑競技場において催されました。さらに日本大学では11月17日、小石川の後楽園球場で独自の学徒出陣壮行式を開催しました。

昭和24年（1949）8月、日本が国際水泳連盟復帰後初の国際大会である全米水上選手権に、本学から古橋廣之進・橋爪四郎など4名が参加しました。とくに古橋は400ｍ、800ｍ、1600ｍ、800ｍリレーで世界新記録を樹立しました。水泳王国アメリカで開催された大会で、日本人選手が次々に世界新記録を更新する姿は、敗戦で沈んでいた日本人の心に大きな希望の光をもたらしました。

昭和22年（1947）に公布された「学校教育法」により、日本大学は新制大学として再スタートすることになりました。24年に法・文・経済・芸術・工・農・第二工の７学部が認可され（医・歯学部は27年に認可）、通信教育も開講しました。同年10月には昭和天皇をお迎えしての「創立60周年記念式典」も挙行され、新たな時代の幕開けとなりました。

戦後初の全学一体の行事は昭和21年（1946）10月に実施された陸上体育大会でした。大学祭については、各学部の事情を踏まえ、順次開催されたため、日程や内容なども各学部によって異なっていました。昭和25年頃になると、個別的な学部祭を廃して全学統一の学園祭を実施したいという学生の声が上がりました。

昭和27年10月20日から、1週間にわたり、本学初の「総合大学祭」が開催されることとなりました。各学部の展示会や講演会などは従来どおり各部科校の施設を利用して実施されましたが、学生が一同に会して神田共立講堂で実施された統一芸能祭は、とくに注目を集めました。芸能祭は、各部科校が合同で演劇・音楽・舞踏などの演目を実施し、午後1時、午後5時の2部構成で3日間にわたり開催されました。

総合大学祭は、経済面や会場などの条件が整わず、翌28年、29年は部科校ごとの大学祭となりましたが、昭和30年からは「統一大学祭」と称して再開され、日大紛争が顕在化する昭和42年度まで毎年開催されました。

この時期の本学卓球部は、荻村伊智郎と田中利明という世界レベルの選手を2人輩出しています。昭和29年～32年までの世界選手権男子シングルスで、荻村は昭和29・31年、田中は昭和30・32年と4年連続世界一の王座を日本大学関係者が独占しました。とくに、昭和31年に東京で開催された世界選手権は荻村と田中の決勝戦となり、熱戦の末、荻村が優勝を果たします。彼らの活躍もあり、日本に空前の卓球ブームが沸き起こりました。

多くの学部を擁する日本大学は、入学式や卒業式など全学で統一した式典が挙行できる大講堂を設けることが念願でした。昭和33年（1958）に日本相撲協会から旧国技館（墨田区両国）を購入し、それを実現することができました。日本大学講堂は、巨大ドーム式の特徴ある建築様式で、日本大学を象徴する建物として有名になりました。昭和58年、老朽化のため取り壊されました。

「日本法律学校設立主意書」に記されている日本法律学校の創立目的を要約すると、日本の法律は新旧を問わず学ぶ、海外の法律を参考として長所を取り入れる、日本法学という学問を提唱するという3点です。欧米法教育が主流な時代にあって、日本法律を教育する学校の誕生は、大いに独自性を発揮することとなりました。

その後、明治36年（1903）には、校名を日本大学として大学組織にあらため、翌37年、専門学校令による認可を受けました。大正3年（1914）、「日本大学建学の主旨及び綱領」が制定され、日本大学の建学の理想と教学方針が示されました。この主旨及び綱領は、戦時下において、時代背景に応じた数度の改編が行われました。大正9年（1920）、大学令による大学となり、本学は総合大学への道を歩むこととなりました。

昭和24年（1949）、新制大学として再スタートした本学は、「日本大学の目的及び使命」を制定しています。しかし、この目的及び使命は、教育基本法に準じたものではあるが本学の伝統から離れており、私学の独自性が発揮されないという意見が出されました。これにより、「日本大学の目的及び使命」改訂の検討がなされ、昭和34年（1959）、本学70周年を迎える際に、現在の表現に改訂しました。

昭和30年代に入ると、世界的に原子力の平和利用が進められるようになりました。日本大学はいち早く原子力研究に着手し、日本で最初にノーベル賞を受賞した湯川秀樹を顧問に迎え、昭和32年（1957）に工学部（現・理工学部）に原子力研究所を発足し、昭和38年には本部直属となりました。原子力研究所は、当時最先端の研究であった核融合に注目し、昭和37年に日本で最初の高温プラズマの発生に成功しました。

昭和39年（1964）に開催されたオリンピック東京大会には、本学から45人の選手と7人の役員が参加しました。日本代表選手団は男女併せて355名でしたので、実に12％強の選手が本学関係者でした。

体操団体では、本学から遠藤幸雄・早田卓次（はやたたくじ）が出場して、見事に金メダルを獲得し、個人種目でも、遠藤が個人総合・平行棒、早田がつり輪で金メダルを獲得しました。レスリングでは、吉田義勝がフリーのフライ級で優勝しています。

本学教員の木村秀政は飛行機好きの学生と人力飛行機の作製に挑戦しました。しかし、高い技術が要求されるため失敗の連続でした。ようやく昭和41年（1966）に「リネット号」が、わずか15ｍでしたが日本最初の人力飛行に成功しました。その後、先輩から後輩へと改良が積み重ねられ、昭和51年に飛行距離の日本記録、翌52年には世界記録を樹立しました。

昭和53年（1978）4月28日、日本大学北極点遠征隊が、日本人として初めて北極点に到達しました。カナダ最北端エルズミーア島ヘクラ岬のベースキャンプを出発して48日目、782ｋｍを犬ぞりで走破した多和田、大島、中村、ペアリー、クリスチャンセンのアタック隊5名が極点に到達。日本・デンマーク・カナダ国旗とともに日大旗が翻りました。

昭和54年（1979）に設置された人口研究所は、日本で唯一の大学の人口問題に関する研究機関です。人口問題解決に貢献するため、研究のフィールドは国内だけでなく世界におよんでいます。とくにアジアに視点をおいて調査・研究を行い、その活動は社会的に高い評価を得ています。

千代田区三崎町にあった本部棟は老朽化が進み、また手狭でもあったので十分に機能しなくなりました。そこで、昭和57年（1982）に創立90周年記念事業の一環として、千代田区九段南に日本大学会館を建設しました。同会館は、本部と学部・付属校の有機的な結びつきを図るとともに、国際交流を促進し、教育・研究の発展に寄与するセンター的な存在としての役割をになっています。

創立100周年に当たる平成元年（1989）10月4日、品川の高輪プリンスホテルに天皇・皇后両陛下をお迎えして、記念式典が行われました。関連して同年には、護国寺にある山田顕義の墓所改装や、兵庫県生野での「山田顕義終焉之地」記念碑除幕式などの各種事業・式典が行われました。

第8代木下総長は、「世界の日本大学」の実現に向けて、国際化と情報化に対応した教育改革に取り組み、平成6年（1994）には、創立100周年記念事業の一環として「総合学術情報センター」を設置しました。これにより分散しているキャンパスをつなぐ学内の情報ネットワークが整備され、本学が総合性を発揮するうえでの基盤が整ったのです。

日本大学は、平成元年（1989）10月に創立百周年を迎えましたが、少子化社会など、大学を取り巻く状況の急速的変化に対応し、21世紀に向けた世界的総合大学に発展すべく、さまざまな取り組みを開始しました。

そのひとつとして、平成19年（2007年）に、グローバリゼーションに対応できる人材を育成するための、「日本大学の目的および使命」に記載されている「自主創造」を、本学の教育理念としました。

「日本大学桜門会館」は、校友が一堂に会して親睦を深め、校友同士または校友と学生が有益な情報交換を行うための新活動拠点として、平成22年（2010年）6月30日に開館しました。

異なる分野で事業を行う校友同士が出会うことによって新たなビジネスチャンスが生まれ、学生にとっては就職活動の、校友にとっては人材発掘の場となるような、まさに市場活動に 直結する交流の拠点ですが、今後は政治の分野にも注力し、松下政経塾のような組織をつくって将来の日本を担う政治家を育成するというプランも視野に入れています。

2019年10月、創立130周年記念式典が帝国ホテル東京で開催され、式典に約820人、その後の祝賀会には約1,500人が参加しました。

創立130周年記念事業としてこれまで、新病院開院、認定こども園、小学校や危機管理学部、スポーツ科学部の二つの学部を開設、地方からの学生に対する経済的支援として、学生寮も新設されました。また毎年度1,000名を対象とした大規模な給付型奨学金制度（創立130周年記念奨学金）も始まりました。